Le site Natura 2000 "Vallée du Gardon de Saint-Jean" héberge 23 espèces animales d'intérêt communautaire listées dans le tableau ci-dessous.
Pour chaque espèce, vous pouvez télécharger sa fiche synthétique issue du document d'objectifs (fiche DOCOB) et sa fiche "MNHN" issue des cahiers d'habitat du Museum National d'Histoire Naturelle.
Espèces d'intérêt communautaire | Illustration | Fiche DOCOB | Fiche MNHN |
| MAMMIFERES (dont chauves-souris) | |||
| ¤ Castor d'Europe (Castor ficber) - 1337 |  |  | |
| ¤ Loutre d'Europe (Lutra lutra) - 1335 |  | | |
| ¤ Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) - 1303 |  | | |
| ¤ Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum) - 1304 |  | | |
| ¤ Rhinolophe euryale (Rhinolophus euryale) - 1305 |  | | |
| ¤ Barbastelle d'Europe (Barbastella barbastellus) - 1308 |  | | |
| ¤ Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii) - 1310 |  | | |
| ¤ Murin de Capaccini (Myotis capaccinii) - 1316 |  | | |
| ¤ Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus) - 1321 |  | | |
| ¤ Murin de Bechstein (Myotis bechsteinii) - 1323 |  | | |
| POISSONS | |||
| ¤ Blageon (Telestes souffia) - 1131 |  | | |
| ¤ Barbeau méridional (Barbus meridionalis) - 1138 |  | | |
| ¤ Chabot commun (Cottus gobio) - 1163 |  | - | |
| ¤ Toxostome (Chondrostoma toxostoma) - 1126 |  | - | |
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| ¤ Ecrevisse à pieds blancs (Austropotamobius pallipes) - 1092 |  | | |
INSECTES | |||
| ¤ Cordulie splendide (Macromia splendens) - 1036 |  | | |
| ¤ Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii) - 1041 | | | |
| ¤ Gomphe de Graslin (Gomphus graslinii) - 1046 |  | | |
| ¤ Grand capricorne (Cerambyx cerdo) - 1088 |  | | |
| ¤ Lucane cerf-volant (Lucanus cervus) - 1083 | | | |
| ¤ Rosalie des Alpes (Rosalia alpina) - 1087 |  | | |
| ¤ Diane (Zerynthia polyxena) - 1053 | | - | - |
BOTANIQUE | |||
| ¤ Grimaldie rupestre (Mannia triandra) - 1379 | | - | - |